由于洁净厂房在温度、相对湿度及洁净度方面的巨大优势，它的重要性也越来越多地被人们所认识和接受。因此洁净厂房室内装修中的门窗设计，地面、墙面、吊顶的装修材料与一般厂房不同。
1、洁净厂房一般在厂房外设置一环形密封走廊，它使洁净区与外界有一个缓冲地带。为防止室内外温差而产生结露，室内不同洁净度的房间之间的门窗缝隙密封性高。洁净厂房门窗材料为耐热性好、自然变形小，制造误差小、气密性好的金属或金属涂塑材料构成；门窗造型简单，不易积尘，便于清扫，门框不设门槛，不易受潮长菌的困扰。厂房外墙上的窗宜与内墙面平整一致。
2、地面宜采用平整，无缝隙，耐磨耐腐蚀，不易集聚静电的，便于清理的整体地面。设计中可以采用现浇水磨石地面，所用石子直径应在6-15mm之间；其中分隔条必须采用铜条分隔，不得采用玻璃条。现在多采用环氧自流坪地面，它是一种树脂类复合材料地坪，特点是无溶剂、***无味、无接缝、自流找平。可以达到镜面装饰效果、无缝连接、耐油类及酸、碱、盐化学溶剂。具有防静电，发尘小，耐磨耐冲击等特点但造价高，大多用于要求高洁净度、外表美观、无尘、无菌的电子、医药、血液制品等行业的生产车间地面。
3、墙面应光滑、平整不起尘，耐腐蚀，色彩和谐，便于识别污染物，内墙涂料必须采用防霉、防静电、避免眩光并能耐受清洗和消毒的材料涂刷。墙面与地面相交处宜做半径50毫米的圆弧，以减少灰尘积聚和利于清洁。运输走廊等易撞处墙边宜设置防撞栏杆，防止因装修材料震动而灰尘脱落。
