于净化厂房的特殊性，对其使用管理也提出了较高要求，药品、生物制品厂房GMP认证和管理都有很严格的规定，其他类型净化厂房由各使用单位根据生产流程制定管理措施，建议建设单位应由专业部门专人管理。定期进行功能检测，对初效过滤器及时清洗，中高效过滤器及时更换，空调水系统过滤器清洗。在生产间歇期间对精华空调系统进行检修，重点是：对各种电动执行机构动作情况进行测试，温湿度、压差传感器的敏感度测试，确保运行安全和运行效率。日常要加强对作业员工的行为检查，严格按洁净厂房的要求配备好员工的装备，防止个别员工违规操作，确保生产环境符合要求。工艺设备的搬入和安装试运行阶段，监理工程师也要特别关注这个方面。
